Как и в предыдущей части, во втором сезоне «Скуби-Ду! Корпорация Тайна» будет довольно много перевоплощений и таинственных исчезновений, в которых окажутся замешаны монстры и призраки. Многим взрослым не понравится то, что дети с такой легкостью разо